FAKULTAS EKONOMI DAN Ilmu Sosial (FEIS) yang kemudian bernama Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB) mulai dibuka pada Tahun Akademik 2000/2001 di bawah Program Konversi UIN. Melalui SK Presiden Nomor 31 tanggal 20 Mei 2002 status Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Syarif Hidayatullah Jakarta berubah menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah Jakarta. Dengan berubahnya status tersebut, Program Konversi UIN melahirkan dua fakultas baru, yaitu Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial (FEIS) dan Fakultas Sains dan Teknologi (FST). Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial UIN Syarif Hidayatullah Jakarta berdiri berdasar SK Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Nomor 068 tahun 2002, dengan dua Program Studi (Prodi): Manajemen dan Akuntansi.
Pada tahun 2004 FEIS membuka Kelas Internasional (double degree) untuk Prodi Manajemen dan Akuntansi berkerjasama dengan International Islamic University Malaysia (IIUM) dan Universiti Utara Malaysia (UUM). Setahun berikutnya, 2005, FEIS membuka dua program studi baru sekaligus: Program Studi Hubungan Internasional (HI) dan Program Studi Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan (IESP).
Pada Maret 2005, Prodi Manajemen dan Akuntansi melakukan akreditasi. Prodi Manajemen memperoleh nilai akreditasi “A†berdasarkan SK Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 026/BAN/PT/ak-IX/S1/I/2006. Sedangkan Prodi Akuntansi terakreditasi dengan nilai “B†berdasarkan SK Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 028/BAN/PT/ak-IX/S1/I/2006.
Seiring berdirinya Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP) di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Program Studi Hubungan Internasional (HI) yang awalnya berada di FEIS digabungkan ke FISIP mulai tahun akademik 2009/2010. Dengan berpindahnya jurusan HI ke FISIP dan juga demi pengem-bangan Fakultas ke depan, FEIS mengusulkan perubahan nama menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB). Perubahan nama tersebut sesuai dengan perkembangan akademik dan tuntutan pasar serta prospek pengelolaan fakultas ke depan. Hal ini juga sesuai dengan prodi-prodi yang dimiliki Fakultas Ekonomi dan Bisnis, yaitu Prodi Akuntansi (Reguler dan Kelas Internasional), Prodi Manajemen (Reguler dan Kelas Internasional) dan Prodi Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan/IESPÂ (Reguler).
Pada tahun 2011 dan 2012 FEB mengalami banyak perubahan, di antaranya adalah pada bulan Juni 2011 seluruh program studi yang ada di FEB telah dilakukan visitasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Prodi Manajemen mendapatkan nilai akreditasi 361 (A) berdasarkan SK BAN-PT Nomor: 018/BAN-PT/Ak-SURV-III/S1/XII/2011. Prodi Akuntansi mendapatkan nilai 347 (B) berdasarkan SK BAN-PT Nomor 008/BAN-PT/Ak-XIV/S1/VI/2011 dan Prodi IESP mendapatkan nilai 365 (A) berdasarkan SK BAN-PT Nomor 023/BAN-PT/Ak-SURV-III/III/2012. Di samping itu, program Kelas Internasional pada tahun ajaran 2012/2013 sudah ditiadakan. Program Kelas Internasional ini diganti dengan program kelas bilingual (dua bahasa: Indonesia dan Inggris) yang masuk dalam program reguler, dengan biaya yang tidak jauh berbeda dengan biaya di program reguler.
Ketua dan Sekretaris Program Studi dari masa ke masa:
Dr. Abdul Hamid, MS dan Herni Ali HT, SE.,MM.
Bintoro Dibjoseputro,SE.,MBM.,Ak. dan Drs. Abdul Hamid Cebba, MBA.,Ak.,CPA
Drs. Abdul Hamid Cebba, MBA.,Ak.,CPA dan Amilin,SE.,M.Si.,Ak.
Rahmawati,SE.,MM dan Yessi Fitri,SE.,M.Si.,Ak.,CA.
Dr. Rini,M.Si.,Ak.,CA dan Hepi Prayudiawan,SE.,MM.,Ak.,CA.
Yessi Fitri,SE.,M.Si.,Ak.,CA. dan Hepi Prayudiawan,SE.,MM.,Ak.,CA.
Yessi Fitri,SE.,M.Si.,Ak.,CA. dan Fitri Damayanti,SE.,M.Si.