Berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 031 tanggal 20 Mei 2002, IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta resmi berubah menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Peresmian dilakukan oleh Wakil Presiden RI pada tanggal 8 Juni 2002 bersamaan dengan upacara Dies Natalis ke-45 dan Lustrum ke-9 serta pendirian tiang pertama pembangunan Kampus UIN Syarif Hidayatullah Jakarta melalui Islamic Development Bank. (IDB).

Perubahan IAIN menjadi UIN juga dibarengi dengan penambahan Fakultas Non Agama. Program studi yang berada pada program konversi pada akhirnya tertampung di lingkungan Fakultas. Program Studi Akuntansi dan Manajemen tertampung di Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial (FEIS). Perkembangan FEIS seperti membuat program Kelas Internasional (Akuntansi dan Manajemen) pada tahun 2004 yang bekerjasama dengan International Islamic University Malaysia (IIUM) dan Universiti Utara Malayasia (UUM). Kerja sama tersebut berupa pemberian gelar ganda sarjana.

Pada tahun 2005, FEIS mendirikan dua program studi, yaitu Hubungan Internasional (IR) dan Economics and Development Studies (IESP). Kedua program studi tersebut didirikan berdasarkan SK Menteri Pendidikan Nasional No. 2130/D/T/2006 dan program Non Reguler (Akuntansi, Manajemen dan IESP) pada tahun 2003. Pada bulan Maret 2005, Program Studi Manajemen dan Akuntansi Program terakreditasi. Manajemen memperoleh akreditasi “A” sesuai dengan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 026/BAN/PT/ak-IX/S1/I/2006. Sedangkan Akuntansi terakreditasi “B” sesuai dengan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 028/BAN/PT/ak-IX/S1/I/2006.

Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP) berdiri pada tahun ajaran 2009/2010, program studi Hubungan Internasional (HI) yang semula berada di FEIS resmi dipindahkan ke FISIP. Seiring perpindahan IR ke FISIP dan juga demi perkembangan Fakultas, FEIS mengusulkan perubahan nama menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB). Perubahan nama disesuaikan dengan perkembangan akademik, permintaan pasar dan prospek pengelolaan fakultas ke depan.

Pada tahun 2011-2012, tiga program studi di FEB melakukan akreditasi untuk kedua kalinya. Hasilnya, program studi manajemen—berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 018//BAN-PT/Ak-SURV-III/S1/XII/2011 tanggal 22 Desember 2011—mendapat predikat “ Nilai A” (361) yang berlaku hingga 28 Juli 2016.

Program Studi Akuntansi—berdasarkan Surat Keputusan BAN PT nomor 008/BAN-PT/Ak-XIV/VI/2011—mendapat nilai “B” (347) yang berlaku sampai dengan tanggal 23 Juni 2016. Kemudian, Program Studi Ilmu Ekonomi mendapat nilai “A” (365), berlaku sampai dengan tanggal 28 Juli 2016 berdasarkan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 023/BAN-PT/Ak-SURV-III/S1/III/2012, tanggal 16 Maret 2016.

Pada tahun 2012, FEB resmi membuka dua program studi baru yaitu Program Studi Perbankan Syariah dan Program Studi Ekonomi Syariah berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1119 Tahun 2012. Program studi ini diselenggarakan dengan mengacu pada Peraturan Menteri Keuangan. Menteri Agama Nomor 36 Tahun 2009 tentang Penetapan Bidang Keilmuan dan Gelar Akademik di Lingkungan Pendidikan Tinggi Islam. Untuk gelombang pertama, FEB membuka satu kelas untuk kedua program tersebut.